Luego, por la precariedad de la edificación y por inclemencias del tiempo, se destruyó, lo que creó en los habitantes de Salta la necesidad de levantar una nueva Iglesia Matriz, que fue construida donde ahora está la Catedral (casi en la esquina de España y Mitre). “... tenía dos torres sólidas y pesadas, al parecer las más elevadas de la ciudad, y cúpula en el crucero”. Este templo tenía unas 45 varas de largo por 16 de ancho. Los terremotos de 1692 lo afectaron tan seriamente, que ocho años después “puede decirse que estaba en ruinas”. Por ende, en esa Iglesia Matriz, se escribió el capítulo más dramático y vigoroso de la historia del Milagro.

No tardó mucho la iniciación de los trabajos para construir un nuevo templo, los que cobraron empuje gracias a la acción del gobernador del Tucumán (no la actual provincia de Tucumán, sino la Gobernación a cuyo territorio pertenecía la actual provincia de Salta) don Esteban de Urízar y Arespacochaga, en 1708. Este edificio es señalado por Perdiguero como “la tercera Iglesia Mayor o Matriz”. He aquí los datos que transcribe en la parte que corresponde a la tasación de la obra: “Primeramente medimos la iglesia y halamos que tiene una longitud de 76 varas y media, y 14 varas y media de latitud”. Este templo se habría terminado después de 1712.

En 1794, años después de que fueran expulsados los Padres de la Compañía de Jesús, “... estando en mal estado la vieja Iglesia Mayor, con la autorización del Poder Civil, se utilizó para tal la Iglesia de los mencionados religiosos”, cuya ubicación es precisada en la esquina de Mitre y Caseros, con frente hacia la plaza principal. Era “espaciosa y de formas regulares... tenía tres naves y cúpula, pero sin torres. El frente era amplio y elevado y en él estaban colocadas las campanas”.

Por bula del 28 de marzo de 1806, nuestra ciudad se convirtió en sede episcopal. El primer obispo de Salta fue Monseñor Nicolás Videla del Pino, que venía desempeñándose como Obispo del Paraguay. Con tal motivo, Salta necesitaba su catedral. Ella recién pudo erigirse canónicamente en 1816, en la iglesia jesuítica a la que nos hemos referido. Por lo tanto, la primera Catedral de Salta estuvo situada en el lugar mencionado. Así las cosas, cuando se produjeron los terremotos de 1844, las Imágenes del Milagro se encontraban allí. Conviene poner de relieve que antes, durante y después de esos terremotos, el templo no pudo ser atendido ni conservado convenientemente, por la guerra de la independencia y otras circunstancias sociales. De ahí que en forma progresiva fue deteriorándose, hasta el punto de que el mismo Obispado corría el riesgo de desaparecer por falta de catedral.

Por 1850 los tucumanos trabajaban para que la sede episcopal fuera trasladada a la ciudad de Tucumán, en mérito al gran templo que allí “se estaba levantando con la protección económica que prestaban el pueblo y el gobierno”. Estas gestiones y otras situaciones ambientales, empujaron a los salteños a emprender la construcción de la futura Catedral, lo que ocurrió en 1855 sobre el terreno que hoy se levanta.

Singular esfuerzo pusieron al servicio de esta obra el pbro. Isidoro Fernández y el Obispo Monseñor Rizo Patrón. La nueva Catedral quedó concluida en sus aspectos fundamentales en 1878, aunque sin atrio ni torres, fijándose el 13 de octubre de ese año, para la consagración solemne, después de la cual prosiguieron los trabajos para terminarla.

En 1902, tuvo lugar la coronación de las imágenes del Milagro. Para entonces, Monseñor Toscano gestionó y logró fuera colocado el piso de mármol que aún se mantiene.

A raíz de la creación del Arzobispado de Salta, en 1934, la Catedral fue elevada a la dignidad de Metropolitana y el primer Arzobispo, Monseñor Roberto José Tavella, con la “cooperación unánime de los salteños”, logró realizar la magnífica decoración que admiramos al presente, y años después, en 1939, el mismo Prelado obtuvo de la Santa Sede el honroso título de Basílica Menor para este histórico templo, cofre de tantos portentos y tradiciones del pueblo salteño.