Desde el punto de vista de su importancia pesquera se destacan en la provincia de Salta tres cuencas importantes: las del Ríos Bermejo, Juramento y Pilcomayo; estos ambientes contienen una alta diversidad de especies de peces de las cuales sólo una mínima cantidad tienen importancia desde el punto de vista comercial y/o deportivo.

Río Bermejo

En esta cuenca se han contabilizado hasta el momento un total de 91 especies de peces, siendo muy probable que existan aún otras. Es destacable la abundancia de peces detritívoros, como sábalos, viejas y bagres; además de la presencia de grandes piscívoros, como los surubíes y dorados y omnivoros como el pacú. Las especies más apreciadas desde el punto de vista deportivo-comercial son el surubí, dorado,pacú, sábalo, boga y bagre.

Río Juramento

Esta cuenca abarca una importante superficie centro-sur de la provincia de Salta, el río recorre la misma a lo largo de 227 Km y tiene su origen en el embalse Cabra Corral, formado por la confluencia de los ríos Arias y Guachipas. Este curso presenta a lo largo de su recorrido distintas obras de infraestructura como las presas de General Belgrano (Cabra Corral), Peñas Miraflores y El Tunal, que sectorizan el río en diferentes zonas bien diferenciadas en cuanto a factores físicos, químicos y biológicos. Peces de interes: dorado, boga, sábalo, bagre, mojarra, tararira, etc.

El embalse General Belgrano o Cabra Corral

En este embalse se encuentran perreyes, dentudos, bagres, bocachas, mojarras, sábalos y viejas. Existen además dos especies muy conocidas como, las anguilas y las yuscas.

El embalse El Tunal

Es un ambiente más joven y de menor dimensión que el embalse de Cabra Corral. Aguas abajo de la represa del dique se produce una concentración masiva de peces blancos, ante la imposibilidad física de continuar su migración, se producen en consecuencia mortandades estacionales causadas por desoxigenación y recolecciones ilegales por parte de pescadores desaprensivos. En este embalse encontramos una fauna similar a los demás ambientes descriptos en la cuenca del Juramento.

Río Pilcomayo

Se ubica al nordeste de la región salteña. Conforma el límite nordeste de la Provincia de Salta, tiene su origen en las cuencas de captación andina al que luego se le agregan las aguas precipitadas en la región subandina. Es un importante afluente del sistema hídrico del río Paraguay y constituye un importante lugar de desove y alimentación para las especies de peces como los sábalos, pacúes, dorados, surubíes, bogas, etc.